當水從進水口進入過濾器濾筒內部，雜質被攔截在過濾筒內壁，過濾后的干凈水從出水口流出，當濾筒內壁的雜質越積越多時，過濾器進出口的壓差達到預設值或達到清洗時間或手動預制時，過濾器將開始自清洗過程，整個自清洗過程包含兩個步驟：打開位于過濾器上的自動排污閥；電機帶動過濾器濾網內的清洗刷，被濾網所攔截下來的雜質從排污閥排出。清洗時系統不斷流，過濾器的整個運行過程由隨機配備的一個智能控制箱來控制。控制方式可選壓差、時間、手動及 PLC 控制。
全自動自清洗過濾器由殼體、多元濾芯、反沖洗機構、電控箱、減速機、電動閥門和差壓控制器等部分組成。殼體內的橫隔板將其內腔分為上、下兩腔，上腔內配有多個過濾芯，這樣充分利用了過濾空間，顯著縮小了過濾器體積，下腔內安裝有反沖洗吸盤。工作時，濁液經入口進入過濾器下腔，又經隔板孔進入濾芯的內腔，大于過濾芯縫隙的雜質被截留，凈液穿過縫隙到達上腔，較后從出口送出。